Para ello, siguiendo esta guía podemos preservar las modificaciones y personalización que le realizamos a nuestra instalación durante su utilización.
Debemos cambiarnos al directorio de nuestro repositorio moodle local
cd /opt/moodle/una vez en él podemos editar desde esa locación cambiarnos directamente al directorio de excepciones
vi /opt/moodle/.git/info/excludealternativamente,
cd .git/info/y editamos el archivo exclude:
vi exclude
en el mismo vamos a incorporar los archivos y/o directorios que queremos que no sean descargados cuando actualicemos la información del respositorio
por último ejecutamos como usuario root o como sudo "git pull" para actualizar Moodle a la versión más reciente, Git ignorará estos archivos y directorios y solamente actualizará lo restante.
Fuente:
https://docs.moodle.org/all/es/Guia_de_instalacion_paso-a-paso_para_Ubuntu#Paso_5:_Copiar_repositorio_local_a_.2Fvar.2Fwww.2Fhtml.2F